מערכת הולכת השפכים החדשה שמוביל "יובלים אשדוד" הינה המובילה בישראל במאה ה-21. תוכנית הפיתוח של המערכת מציגה חזון לפיו העיר תחולק לשלושה אזורים באמצעות הקמת שדרת ביוב מרכזית בעיר, שעם סיום הקמתה יישלט כל אזור על ידי קו ביוב ראשי מתקדם ובעל נפח עצום ותחנת שאיבה מרכזית אשר תוביל את השפכים למכון טיהור השפכים של העיר. שינוי מהפכני זה יפחית ויווסת את עומסי השפכים, יאפשר הולכת שפכים בצורה אמינה תוך שמירה על איכות הסביבה ואיכות חיי התושבים למשך שנים רבות – בהתאם לתוכניות הפיתוח של העיר.
מהפיכת מערכת השפכים של המאה ה-21 כוללת הקמה ושדרוג משמעותי של תחנות שאיבה לביוב לרבות הקמת מאגרי חירום בסמוך לתחנות השאיבה.
על פי התוכנית ,הובלת השפכים בעיר תפוצל בין החלק המערבי, החלק המרכזי והחלק המזרחי של העיר במקום הובלת השפכים מכל רובעי העיר לתחנה מרכזית אחת לביוב.
כל פעילות התאגיד ובכלל זה כמובן מערכת הולכת השפכים של המאה ה-21 נעשית בראייה קפדנית של שמירה על הסביבה, הים והנחל. על מנת שמערכת הולכת השפכים תהיה אמינה ביותר ובכדי לטפל באופן המהיר ביותר בתקלות ובגלישות -הוקמה מערכת בקרה און ליין שמשדרת 24 שעות באמצעות מצלמות וחיישנים מתקדמים ומדווחת על גובה השפכים בצנרת דבר המאפשר לקבל התרעה על גלישה וכן מדווחת על כל פעילות חריגה בתחנות השאיבה ובתשתיות העירוניות. במקביל הוקמה מערכת מידע גיאוגרפית ( GIS ) אשר ממפה, מציגה ומתעדת את הפעילות של כל תשתיות המים והביוב בעיר ומאפשרת לאנשי המקצוע של התאגיד לשלוט ולבקר את המתרחש בשטח באופן קבוע.
הנחה והחלפת קווי הביוב ברחובות ובמתחמים בעיר נעשית באמצעות צנרות להולכת שפכים המונחות בשיטות טכנולוגיות מתקדמות המאפשרות את ביצוע העבודה ביעילות ובמינימום הפרעה לפעילות השגרה של הלקוחות. בכך למעשה נשענת מהפיכת השפכים של המאה ה-21 בעיר גם על מערכת של צנרות להולכת שפכים חדשים ומתקדמים בעלי נפח גדול של יכולות הובלה וחדישים מבחינת יכולת ההולכה וויסות עומסים ושמירה על איכות התושבים.
מ"מ מנכ"ל התאגיד מלי בן ברוך מסרה כי "הקמת מערכת השפכים של המאה ה-21 מבוצעת על ידי "יובלים אשדוד" בראייה ניהולית אסטרטגית אל עבר העתיד, בשקיפות ובדגש על חדשנות. העובדה כי כל הפרויקטים מתוכננים ומנוהלים על ידי "יובלים אשדוד" מעידה על ניהול מיטבי ויכולת ביצוע אדירה של פרויקטים. כל זאת במקביל ובנוסף להקמת ושדרוג קווי ביוב במתחמים החדשים ובשכונות הוותיקות . כל השקעות התאגיד מציבות את אשדוד בחזית בתחום מערכות הולכת השפכים. הנשכרים מכך הם תושבי העיר אשר נהנים ממערכת ברמה הגבוהה ביותר בישראל ונהנים משמירה על איכות חייהם".
